29.01.2020

Coronavirus: Grazer Startup ganz vorne bei Suche nach Impfstoff

Das Grazer BioTech-Startup Innophore beteiligt sich mit seiner Suchplattform für Enzyme an der weltweiten Suche nach einem Wirkstoff gegen den Coronavirus 2019-nCoV. Das Startup arbeitet nun mit dem„Chinese Center for Disease Control and Prevention“ zusammen.
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Coronavirus
Innophore-Geschäftsführer Christian Gruber | (c) Regine Schoettl

Die Zahl der Corona-Infizierten steigt stetig an. Weltweit gibt es rund 6000 bestätigte Fälle, darunter sind rund 130 Todesfälle. Mittlerweile wurden auch in Europa acht Fälle bestätigt, vier in Frankreich und vier in Deutschland.

Dementsprechend steigt nicht nur der Druck entsprechende Quarantäne-Maßnahmen und Notfallspläne zu erarbeiten, sondern auch einen Wirkstoff zu finden, der den Virus eindämmen kann. Dabei soll nun auch ein österreichisches Startup mitwirken – genauer gesagt Innophore.

+++ Coronavirus: KI warnte bereits 9 Tage vor WHO vor Epidemie +++

Innophore: Suchmaschine für Enzyme

Das in Graz ansässige Biotechnologie-Startup rund um den Gründer und CEO Christian Gruber hat eine eigene Suchmaschine entwickelt, die mittels KI und Big Data Enzyme und Wirkstoffe für die pharmazeutische Industrie sowie für industrielle Prozesse schnell und kostengünstig findet – der brutkasten berichtete bereits.

Seitens Innophore heißt es, dass sich das Startup nun an der Suche nach einem Wirkstoff gegen den Coronavirus beteiligt. Konkret forscht Innophore für das „Chinese Center for Disease Control and Prevention“ an Molekülen, die Teile des Virus binden und es unschädlich machen sollen.

Erster Erfolg erzielt

Wie Innophore-Gründer Gruber in einer Aussendung erläutert, konnten bereits  ein erster Erfolg erzielt werden. „Aus Eigeninitiative heraus haben wir im wenige Stunden zuvor veröffentlichten Genom des Coronavirus 2019-nCoV nach einem der Schlüsselenzyme dieser Virenklasse gesucht und sind fündig geworden. Basierend darauf machten wir mit unserer Technologie bekannte und für andere Viren bewilligte Wirkstoffe ausfindig, die das Coronavirus theoretisch bekämpfen könnten.“ Diese Vorgehensweise nennt sich in Forscherkreisen „Drug Repurposing‘“. Ziel ist das Finden von bereits bewilligten Arzneimitteln für neue pharmazeutische Zwecke.

Nach der Veröffentlichung der ersten Forschungsergebnisse meldete sich laut Gruber ein großer chinesischer Pharma-Konzern. Seither arbeitet das Team gemeinsam mit einer Gruppe von ausgewählten Bioinformatikern und dem besagten „Chinese Center for Disease Control and Prevention“ an Vorschlägen für mögliche Medikamente gegen das Virus.

Im Normalfall geschieht das mit aufwendigen Tests in chemischen Laboren. Diese brauchen Zeit, die wir im Falle des Virus allerdings nicht haben. Genau hier liegt unser großer Vorteil: Wir arbeiten mit der von uns entwickelten Catalaphore®-Plattform, die computerbasiert mittels Algorithmen neue Enzyme und Wirkstoffe für Arzneimittel erforscht, und das schneller als in herkömmlichen Laboren, so Gruber.


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Apollo, KI, Altgiechisch, Mistral
© Österreichische Nationalbibliothek/ÖAW/Daniel Hinterramskogler - Papyrus aus der römischen Kaiserzeit mit einer griechischen Geburtsanzeige, von Apollo rekonstruiert (Römisches Ägypten, 149 n. Chr.) und Anna Dolganov, Forscherin am Österreichischen Archäologischen Institut der ÖAW.

In Museen und Bibliotheken weltweit lagern hunderttausende Inschriften und über eine Million Papyrusfragmente aus der Antike. Der Großteil des Materials ist fragmentarisch und schwer lesbar. „92 Prozent der Papyri warten bis heute auf ihre Entzifferung. Ein gigantischer, unerschlossener Schatz der Geschichte“, heißt es per Aussendung der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (ÖAW). Genau hier möchte Apollo ansetzen.

Apollo: „Neues Fenster zu unserem gemeinsamen kulturellen Erbe“

Entwickelt wurde das Large Language Model (LLM) in einer Kooperation zwischen der ÖAW und den europäischen KI-Unternehmen Mistral AI und SAIL Reply. Am gestrigen Mittwoch präsentierten die Forschungspartner die erste Stufe des Apollo-KI-Systems, das ab sofort der Wissenschaft und der Öffentlichkeit zur Verfügung steht.

„Apollo zeigt, was europäische Zusammenarbeit leisten kann, wenn KI, die gezielt an wissenschaftliche Anforderungen angepasst werden kann, auf jahrhundertealtes wissenschaftliches Wissen trifft“, sagt Guillaume Lample, Co-Founder und Chief Scientist von Mistral. „Indem Mistrals Technologie dabei hilft, Texte wiederherzustellen, die seit zweitausend Jahren nur fragmentarisch überliefert sind, eröffnet sie ein neues Fenster zu unserem gemeinsamen kulturellen Erbe – und das ist erst der Anfang.“

600 Millionen Wörter

Die meisten Texte der Antike sind nur unvollständig überliefert und es fehlen einzelne Wörter oder sogar ganze Textpassagen. Das Sprachmodell Apollo könne fehlende Inhalte von Fragmenten eigenständig ergänzen und dabei helfen, das Verständnis und die historische Einordnung eines Schriftstückes zu verbessern.

Obwohl für das Training der KI in Altgriechisch nur 600 Millionen Wörter zur Verfügung standen – mehrere zehn Milliarden Wörter gelten üblicherweise als der Standard für LLMs – sei eigenen Angaben nach Apollo treffsicher.

„Bei einem vorhandenen Originaltext auf Papyrus erreicht das Modell bei maskierten, also bewusst versteckten Passagen eine Trefferquote von rund 80 Prozent“, erklärt Anna Dolganov, Forscherin am Österreichischen Archäologischen Institut der ÖAW und Mastermind hinter dem Projekt. Bei tatsächlich unbekannten Textlücken bewerteten internationale Fachexpert:innen, die das KI-System im Rahmen einer Blindstudie evaluiert haben, Apollos Vorschläge in 77 Prozent der Fälle als mindestens ebenso gut wie durch Menschen vorgenommene Ergänzungen und in 16–20 Prozent der Fälle sogar besser, heißt es.

Apollo erkennt Sprachstufen

Besonders beeindruckend sei zudem, wie präzise Apollo zwischen verschiedenen Sprachstufen des Griechischen unterscheiden kann, betont Dolganov: „Unser LLM kann mit vergleichsweise geringem Wissen über einen Kontext weitreichende Schlüsse ziehen. Anhand von Satzbau und Vokabular erkennt Apollo präzise, ob ein Text zum Beispiel aus Homers ‚Odyssee‘ stammt, und ergänzt ihn im passenden Sprachregister.“

Als Beweis zeigte Dolganov bei der Präsentation von Apollo etwa eine antike Geburtsurkunde, die vollständig rekonstruiert wurde. Zudem wurde eine beim Ausbruch des Vesuvs verkohlte Schriftrolle an entscheidenden Stellen „vollständig lesbar gemacht“. Und mit der Rekonstruktion einer fragmentarischen Inschrift aus dem Schwarzmeerraum hat sich der Forscherin zufolge belegen lassen, dass in einer bestimmten Region bereits römisches Recht galt. Die Aussendung sprach hierbei von einer „weitreichenden Erkenntnis, die durch einen Beleg für die römische Prostitutionssteuer untermauert wird.“

Weitere Stufen geplant

„Mithilfe der KI entsteht ein neues Bild der antiken Sozial- und Wirtschaftsgeschichte, da sich viele Erkenntnisse erst aus der Masse der Dokumente ergeben – etwa bei Steuerquittungen“, präzisiert Dolganov.

Und Heinz Faßmann, Präsident der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, ergänzt: „Apollo bringt die Erforschung von historischen Schriftstücken und Dokumenten in ein neues Zeitalter. Der Einsatz des neuen Sprachmodells wird völlig neue Forschungsfragen zulassen und unser historisches Wissen erweitern. Wir sind stolz, dass die ÖAW gemeinsam mit dem europäischen KI-Unternehmen Mistral diese wegweisende Technologie entwickelt hat. Für die Zukunft streben wir eine vertiefte Zusammenarbeit mit Mistral an.“

© ÖAW/Daniel Hinterramskogler – Heinz Faßmann, Präsident der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, bei der öffentlichen Vorstellung von Apollo.

Der ersten Stufe des Modells sollen bald noch weitere folgen. „Das Ziel ist ambitioniert, aber machbar“, wie Dolganov betont: Die KI soll künftig unerschlossene Papyri sowohl entziffern als auch rekonstruieren können. Geplant ist außerdem eine Erweiterung, mit der das Modell thematische und semantische Suchen in der gesamten griechischen Textüberlieferung durchführen sowie Parallelstellen suchen soll und so die passende Evidenz für Ergänzungsvorschläge gleich mitliefert.

Dolganov, die ÖAW und Mistral wollen jedoch bei Altgriechisch nicht aufhören. Aufbauend auf den Erfahrungen soll die KI künftig auch mit einem lateinischen Textkorpus trainiert werden. Dafür stehen dann rund zwölf Milliarden Wörter zur Verfügung. Was für das Projekt noch fehlt, sei ein passender Name.

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