18.12.2020

Ares Genetics erkennt dank AWS Cloud Antibiotikaresistenzen schneller

Amazon Web Services (AWS) unterstützt Startups bei den unterschiedlichsten Herausforderungen ihrer Geschäftsmodelle. Im Fall von Ares Genetics hilft die IT-Infrastruktur von AWS anhand von großen genetischen Datenmengen schnell das Therapieansprechverhalten von Krankheitserregern vorherzusagen.
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Ares Genetics: Stephan Beisken Head of Bioinformatics & Analytics
(c) Ares Genetics: Stephan Beisken Head of Bioinformatics & Analytics
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Antibiotika sind eine der wichtigsten Waffen bei der Bekämpfung bakterieller Infektionen. Der vermehrte Einsatz hat in den letzten Jahren allerdings vielfach zu Antibiotikaresistenzen geführt und erschwert es Medizinern zunehmend, Patienten wirksam zu behandeln. Hier setzt das 2017 gegründete digitale Diagnostik Startup Ares Genetics an, das die Testung auf Antibiotikaresistenzen und die Diagnostik im Gesundheitsbereich verbessern möchte: „Üblicherweise benötigen klassische Labortests einige Tage bis Wochen, um Antibiotikaresistenzen festzustellen. Man nimmt eine Probe vom Patienten, kultiviert sie, fügt ein Antibiotikum hinzu und analysiert, ob Bakterien wachsen oder nicht. Leider dauern diese Tests aber meist zu lange, um Patienten mit komplizierten Erkrankungen schnell und effektiv zu behandeln“, erklärt Stephan Beisken, Head of Bioinformatics & Analytics bei Ares Genetics.

Ares Genetics: DNA-basierte Tests ermöglichen die Vorhersage des Therapieansprechverhaltens

„Wir haben einen DNA-basierten Test entwickelt, bei dem wir die in der Probe vorhandene DNA sequenzieren und anschließend mit einer Datenbank abgleichen, die genetische Informationen mit Krankheitserregern und deren Antibiotikaresistenzen verknüpft. Mit Hilfe dieser Technologie können wir vorhersagen, welche Antibiotika für welche Erreger geeignet sind“, erklärt Stephan Beisken, der auch im neuesten TechTalk zu Gast ist.

Zu den Kunden und Partnern des Wiener Startups zählen neben Ärzten, Krankenhäusern und Gesundheitseinrichtungen auch weltweit führende Diagnostik- und Pharma-Unternehmen. Dass sich durch Antibiotikaresistenzen der Produktlebenszyklus von Antibiotika verkürzt, ist für diese ein entscheidender Aspekt bei der Medikamentenentwicklung. Antibiotikaresistenzen führen weiters zu höheren Behandlungskosten, und die Aufenthalte in Krankenhäusern verlängern sich insgesamt – was sich negativ auf das gesamte Gesundheitssystem auswirkt.

Hohes Datenaufkommen in der AWS Cloud

Der Abgleich der DNA-basierten Tests von Ares Genetics mit der Datenbank nimmt enorme Rechenkapazitäten in Anspruch und generiert große Datenmengen – daher nutzt das Startup schon seit seiner Gründung AWS. „Mit der Sequenzierung der DNA-Proben und dem Abgleich mit unserer Datenbank fallen riesige Datenmengen an, denn schon bei 100 Proben können durch den Analyseprozess mehrere Terabyte an Daten entstehen. Unser 6-köpfiges Bioinformatik-Team steuert die Anwendung, die IT-Infrastruktur dahinter liegt allerdings in der AWS Cloud. Ohne AWS könnten wir unseren Kunden die DNA-basierten Tests nicht so effizient anbieten“, so Stephan Beisken.

Ares Genetics setzt dabei auf einige grundlegende Services von AWS, wie Amazon DynamoDB, Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) sowie Machine Learning & Deep Learning Tools verarbeitet über AWS Batch, mit denen das Team neue Technologieanwendungen aus der Forschung schnell ausprobieren und Modelle  zur Vorhersage von Antibiotikaresistenzen mithilfe von Machine Learning hochoptimiert neu berechnen kann. „Ein weiterer Aspekt, warum wir uns für AWS entschieden haben, waren die hohen und intuitiv anwendbaren Verschlüsselungs- und Zugriffsstandards, die den Umgang mit sensiblen Gesundheitsdaten erleichtern können“, resümiert Stephan Beisken.

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Andreas Klinger ist einer der Initiatoren von EU Inc | (c) brutkasten / Dervisevic
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„Das Startup-Ökosystem muss vor dem 16. Juli laut werden.“ – mit diesem Appell wendet sich die Initiative EU-INC aktuell an die europäische Startup-Szene. Denn die kommenden Wochen seien das entscheidende Zeitfenster, um noch auf den Gesetzgebungsprozess in Brüssel einzuwirken. Die Warnung der Initiatoren fällt deutlich aus: „Mehrere Lobbygruppen drängen darauf, genau die eine Klausel zu streichen, die das Ganze funktionsfähig macht.“ Konkret geht es um die freie Wahl des Registrierungssitzes. Diese Klausel bildet ein Herzstück des Entwurfs. Falle sie weg, drohe das gesamte Projekt für Startups seinen Wert zu verlieren, meint man bei der Initiative.

Kritik bereits bei Kommissions-Entwurf im März

Die Forderung nach einer einheitlichen europäischen Rechtsform für Startups treibt das Ökosystem seit Monaten an. Die Initiative EU-INC sammelte zehntausende Unterschriften, um ein Gegenkonzept zur regulatorischen Fragmentierung in der EU und damit eine ernsthafte Alternative zur US-Rechtsform Delaware Inc. für europäische Startups zu schaffen. Das klare Ziel: Gründungen, grenzüberschreitende Skalierung und Investments deutlich zu vereinfachen.

Die EU-Kommission griff die Forderung auf und lieferte schließlich im März einen Entwurf, der den Begriff „EU Inc.“ von der Initiative übernahm, aber bei weitem nicht alle Forderungen (brutkasten berichtete). Schon vor der offiziellen Veröffentlichung äußerten viele aus dem Ökosystem Kritik an Kompromissen und potenziellen Hürden. Sie befürchteten, dass nationale Interessen eine wirklich einheitliche Lösung blockieren.

EU Inc. als „Plug-in“

Nun liegt eine juristische Detailprüfung des Kommissionsentwurfs im Auftrag der Initiative vor. Und mit ihr folgt seitens EU-INC eine teilweise Neupositionierung. Der Entwurf bringe nicht das ursprünglich geforderte „28. Regime“ – also eine völlig losgelöste, eigenständige europäische Rechtsform mit einem eigenen Gesellschaftsrecht und einem eigenen Gerichtssystem, wird klargestellt. Stattdessen bewerten die Expert:innen die EU Inc. nun als „Plug-in für das Rechtssystem jedes Landes“.

Die Initiative passte ihre Vorschläge nun an diese Gegebenheiten an. Die Rechtsform könne weiterhin als Wegweiser zu einem paneuropäischen Standard dienen, vorausgesetzt, die Politik setze sie korrekt um, heißt es. Da setzt die aktuelle Kritik an. Die Initiative spricht sich vehement gegen das Szenario aus, dass nationale Anpassungswünsche den Entwurf aushöhlen und am Ende „27 verschiedene Geschmacksrichtungen“ entstehen. Eine Kern-Forderung der Initiator:innen: „Lasst nicht zu, dass die freie Wahl des Registrierungssitzes verwässert wird“. Sie betrachten diese Wahlfreiheit als die absolut unverhandelbare Grundvoraussetzung für den Erfolg der Rechtsform.

Klinger: „Phase 3 beginnt“

EU-INC bläst unter anderem via LinkedIn zur Mobilisierung innerhalb der europäischen Startup-Szene. Andreas Klinger, Co-Initiator und bekanntes Gesicht der Kampagne, kommentiert in einem Posting: „Das ist groß. Die Phase 3 von EU-INC beginnt.“ Man brauche nun die gesamte Startup-Community hinter den Forderungen der Initiative. „Lasst uns das über die nächste Ziellinie bringen“, so Klinger.

Konkret ruft die Initiative Gründer:innen und Investor:innen auf: „Postet auf LinkedIn. Fordert: Ein Europa. Einen Standard.“ Die Akteure sollen ihre EU-Abgeordneten sowie Staats- und Regierungschefs in ihren Beiträgen direkt markieren. Gerade im deutschsprachigen Raum sollen die Gründer gezielt Politiker wie den SPD-Europaabgeordneten René Repasi, der bereits vergangenes Jahr mit einem Gegenentwurf zur Initiative auf sich aufmerksam machte, in die Pflicht nehmen und den öffentlichen Druck aufrechterhalten. „Helft uns, das bis zum 16. Juli richtigzustellen“, so die Initiator:innen.

Aufruf von AustrianStartups

Von AustrianStartups kommt zugleich ein Aufruf an die heimische Community: Es sei an der Zeit, laut zu werden – sowohl auf EU- als auch auf nationaler Ebene. Österreichische Minister:innen könnten nämlich im Rat der EU Einfluss auf die finale Entscheidung nehmen. „In Österreich zieht aber nicht jeder am selben Strang. Die typischen Interessensvertetungen arbeiten dagegen“, heißt es von AustrianStartups. Man arbeite sowohl „hinter verschlossenen Türen“ als auch öffentlich an Verbesserungen.

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